Dikkat - Fullmetal Alchemist TV serisini izlemeyenlerin bu Film izlemesin 52. bölüm olarak görüldüğü için serinin gidişatı ile ilgili seyir keyfini bozucu ön bilgi içermektedirMünih, Almanya 1923... Kapının diğer tarafına geçen Edward Elric, iki yıldan beri dünyadaki paralel evrende yaşamaktadır. Bu dünyada kardeşine benzeyen Al ile arkadaş olur. Bu arada kardeşi Alphonse Elric de Edward'ı geri getirmenin yolunu aramaktadır. Shambala adlı bir evrenin var olduğunu öğrenen Almanlar ise kapıyı açmayı ve öteki tarafa saldırmayı planlamaktadır. Edward, ne pahasına olursa olsun onları durdurmaya çalışır..